1. Trạm Nhiệt đới hoá (1961-1967)

Năm 1961, Ủy ban Khoa học và Kỹ thuật Nhà nước đã quyết định thành lập Trạm Nhiệt đới hóa do GS. Nguyễn Như Kim lãnh đạo. Trạm đặttrong Trường Đại học Bách khoa Hà Nội. Chức năng và nhiệm vụ chính của Trạm là thử nghiệm tự nhiên và nhiệt đới hóa các loại linh kiện điện – điện tử để góp phần sửa chữa, phục chế khí tài quân sự cho Quân chủng Phòng không – Không quân, thiết bị điện ảnh sử dụng ở chiến trường Miền Nam, nâng cao độ tin cậy của các loại tụ điện, linh kiện bán dẫn điện tử, kính quang học trong các thiết bị quân sự và dân dụng trong điều kiện khí hậu nhiệt đới ở nước ta.

2. Phòng Nhiệt đới hoá (1967-1980)

Năm 1967, Phòng Nhiệt đới hóa thuộc Viện Khoa học Tự nhiên, Ủy ban Khoa học và Kỹ thuật Nhà nước đã được thành lập trên cơ sở Trạm Nhiệt đới hóa trước đó. Ngoài các đối tượng nghiên cứu – triển khai, Phòng Nhiệt đới hóa còn tập trung nghiên cứu các giải pháp bảo vệ, chống ăn mòn kim loại, bảo quản, chống mốc cho gạo, lạc và một số hạt cây lương thực; nâng cao tuổi thọ của các sản phẩm cao su, chất dẻo sử dụng điều kiện khí hậu nhiệt đới.

3. Viện Kỹ thuật nhiệt đới (1980 đến nay)

Ngày 8/8/1980, theo Quyết định số 248/CP của Hội đồng Chính phủ, Viện Kỹ thuật nhiệt đới thuộc  Viện Khoa học Việt Nam đã được thành lập. GS. TSKH. Vũ Đình Cự, Phó Viện trưởng Viện Khoa học Việt Nam đã được bổ nhiệm chức vụ Viện trưởng đầu tiên của Viện Kỹ thuật nhiệt đới. 

Cuối năm 2014, Viện Kỹ thuật nhiệt đới khánh thành tòa nhà mới A12 nối liền với nhà A13. Hiện nay, Viện Kỹ thuật nhiệt đới là một trong 34 Viện nghiên cứu chuyên ngành thuộc Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam theo Nghị định số 108/2012/NĐ-CP ngày 25/12/2012 của Chính phủ.

Viện Kỹ thuật nhiệt đới đã vinh dự được Chủ tịch nước tặng thưởng Huân chương Lao động hạng Nhất năm 1995, Huân chương Độc lập hạng Ba năm 2005 và Thủ tướng Chính phủ tặng Bằng khen năm 2015.